La misión del Contralor Interno UCSC es analizar y fiscalizar, en forma oportuna e independiente, que los procedimientos y operaciones administrativas, académicas y financieras de la Universidad, se desarrollen en concordancia con la normativa y los lineamientos estratégicos de la Universidad.

El Contralor Interno reporta directamente al Rector, atribuyéndosele para ello funciones específicas de revisión, análisis, fiscalización y control de la normativa Institucional, así como el correcto uso de los recursos de la Institución y los procedimientos y responsabilidades definidas.

Sin perjuicio de lo señalado, el Contralor interno tiene también la responsabilidad de todas aquellas funciones que el Rector le asigne. La Contraloría Interna fue creada a través del D.R. 34/2001, que fue actualizado posteriormente a través del D.R. 76/2015.