La Universidad ha incentivado el desarrollo de la investigación en diversas áreas de los ámbitos humanistas, científicos y tecnológicos, potenciando la interdisciplinariedad en la generación de conocimiento, teniendo como foco los problemas de la sociedad en su conjunto.

Una breve descripción de las áreas de investigación es la siguiente:

• Ciencias del Mar: enfocada principalmente en ciencias biológicas y químicas, a través de investigadores de los departamentos de biotecnología, ecología costera y química marina de la Facultad de Ciencias.
• Matemática y Física Aplicada: incluyendo dentro de matemática aplicada áreas como análisis numérico, optimización, sistemas dinámicos y modelos matemáticos.  Por otro lado en física aplicada, se están desarrollando las áreas de gravitación y cosmología.
• Ingeniería Ambiental y Recursos Naturales: incluyendo áreas de acuicultura y biotecnológicas para la industria acuícola, tecnologías ambientales y redes informáticas de monitoreo ambiental, modelos para la gestión de recursos hídricos y costeros.
• Gestión de la Producción y Logística Portuaria: incluyendo investigación de operaciones, logística y cadenas de suministros, gestión de proyectos y gestión y operación marítimo portuaria.
• Tecnologías de Información y Comunicación: en áreas como inteligencia artificial aplicada a procesos productivos en agricultura, sistemas de información geográficos, informática educativa, aplicaciones web y computación móvil.-
• Ciencias de la Salud: incluyendo áreas de salud pública, diagnóstico molecular y celular.-
• Teología y Filosofía: incluyendo las áreas de ciencias de la familia y bioética.
• Ciencias de la Educación: en áreas relacionadas con el proceso de enseñanza –aprendizaje, lingüística en educación, evaluación curricular y formación de competencias profesionales.
• Ciencias Económicas y Administrativas: enfocadas en áreas como análisis de cluster, ciencia, tecnología e innovación, mejoramiento de la competitividad en PYMES.
• Ingeniería Civil: Investigación en Ingeniería Costera, Contaminación de Suelos, Fenómenos de Transporte, Ingeniería de Fundaciones, Dinámica de Suelos e Ingeniería Antisísmica. Ver más información